القيادة في معهد الإخلاص تعد درسا مهما للطلابه وذلك لأن التربية والتعليم في معهد الإخلاص تهدف إلى اعداد المجتمع لنجاح في حياتهم الاجتماعية.
فمهارات القيادة ليست مخصورة على تقديم نظرية القيادة فخسب، ولكن يجب توفير المعينات والفرص الكافية للطلبة في الممارسة المباشرة لكيفيات القيادة وتطبيقاتها.
ومجال التدريب الرئيسي هو منظمة الطلبة لمعهد الإخلاص (OPPMA) يتم تدريب الطلاب على مهارة التنظيم والقيادة والتقرير وتنظيم البرامج كانتخاب الهيكل التنظيمي للمنظمة وعقد فعاليات البرنامج للمنسبات التربوية و احياء اللغة العربية وتشجيع الطلبة في استخدامها في تخاطبهم اليومية كما تدرب كذلك في تنظيم الشؤون الرياضية والفنية كعقد المباريات والاستعراض الفنية.
ومن جهة المهمة والدور لمنظمة الطلبة هي إدارة أنشطة المدرسة الداخلية من الأنشطة اليومية للطلاب وأنشطة اللغة والرياضة والصحة والفنون والمطبخ وأكشاك المنزل الريفي والمقصف والنظافة البيئية والبستنة وما إلى ذلك.
هنا يتعلم الطلاب معنى الإخلاص في العمل كما يتعلم الخدمة مبنيا على الاحتساب والإيمان لا على الأجور المادية.